Kết quả định danh bằng sinh học phân tử một số mẫu nấm thu được
từ VQG Phước Bình dựa vào trình tự vùng ITS - rDNA
Hình 1: Các mẫu nấm thu thập từ VQG Phước Bình
Sau khi phân lập và tăng sinh trên môi trường lỏng (mẫu PB01, PB03, PB04) được ly trích DNA, DNA sẽ được sử dụng để khuếch đại vùng ITS-rDNA bằng phương pháp PCA ới primer ITS4 – ITS5.
Hình 2: Kết quả điện di sản phẩm PCR các mẫu nấm trên gel Agarose.
|
1. Ladder
|
2. PB01
|
|
3. PB03
|
4. PB04
|
Sản phẩm PCR với cặp mồi ITS4 – ITS5 sau khi điện di trên gel agarose có kích thước khoảng 700bp khi so sánh với thang DNA. Sản phẩm khuếch đại vùng ITS của 3 mẫu PB01, PB03, PB04 được giải trình tự và so sánh độ tương đồng với các trình tự nấm Linh chi đã được công bố trên GenBank.
1. Trình tự ITS của mẫu PB01 được khuếch đại bằng cặp mồi ITS4 – ITS5:
CCTCCGGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCCTACCTGATTTGAGGTCAGAGGTCATAAAGCTGTCTTATAAGACGGTTAGAAGCTCGCCAAACGCTTCACGGTCGCGGCGTAGACATT
ATCACACCGAGAGCCGATCCGCAAGGAACCAAGCTAATGCATTTAAGAGGAGCCGACCGATAACGGCCGACAAGCCTCCAAGTCCAAGCCTACAAACCACAAAAGCTTGTAGGTTGAAGATTT
CATGACACTCAAACAGGCATGCTCCTCGGAATACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATG
CGAGAGCCAAGAGATCCGTTGCTGAAAGTTGTATATAGATGTGTTACATCGCAATGCACATTCTGTTACTTTATAGAGTTTGTGATAAACGCAGGCACAGATATGCTCCGCAAGCCCGGTAAAGA
GCGTGCCTCGCAATCTGAAGCCCACAGTAAGTGCACAGGTGTAGAGTGGATGAGCAGGGCGTGCACATGCCTCGGAAGGCCAGCTACAACCCGGTCAAAACTCGATAATGATCCTTCCGCAGGT
TCACCTACGGAAACCTTGTTACGATTTTTACTTCC
So sánh với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gen NCBI.
Đoạn gen của mẫu PB01 dài 660bp có độ tương đồng là 99% với trình tự Ganoderma lucidum (MF476200.1) đã công bố.
2. .3. Trình tự ITS của mẫu PB03 được khuếch đại bằng cặp mồi ITS4 – ITS5:
TTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCCTACCTGATTTGAGGTCAGAGGTCATAAAAGTTGTCTCTGGAAGCGAGACGGTTGGAAGCTCGTTCAAGGACGCTTCACGGTCGCGGCGTAAACATTAT
CACACCGACAGCCGATCCGCAAGGAATCAAGCTAATGCATTTGAGAGGAGCCGACCATTTAAAGGCCGACAAACACCTCCAAGTCCAAGCCTGCAAACCACAAAAAAAGCTTGCAGGTTGAAGATTTC
ATGACACTCAAACAGGCATGCTCCTCGGAATACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGA
GCCAAGAGATCCGTTGCTGAAAGTTGTATATAGATGCGTTACATCGCAATACACATTCTGATACTTTTAAAGAGTTTGTGATAAACGCAGGCACAGACGCGCTCGACGAACAACAGCCCGCCTCGCGAT
CCATAACCCACAGTAAGTGCACAGGTGTAGAGCGGATGAGCAGGGCGTGCACATGCCTCGGAAGGCCAGCTACAACCCGGTCAAAAACTCGATAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTG
TTACGATTTTTACTTCC
So sánh với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gen NCBI.
Đoạn gen của mẫu PB03 dài 663bp có độ tương đồng là 99% với trình tự Ganoderma neojaponicum (AY593867.1) đã công bố.
3. Trình tự ITS của mẫu PB04 được khuếch đại bằng cặp mồi ITS4 – ITS5:
TAGTTTCTTTTCCTCCGCTTATTGATATGCTTAAGTTCAGCGGGTAGTCCTACCTGATTTGAGGTCAGAGGTCATAAAGGTTGTCTCTGTAACGAGACGATTAGAAGCTCGCCCAAACACGCTTCACGGTC
GCGGCGTAGACATTATCACACCGACAAGCCGATCCGCAAGGAACCAAGCTAATGCATTTAAGAGGAGCCGACCTTGTAAAGGGACCGACAAGCCTCCAAGTCCAAGCCTACAAGCCCCATAAGAAGTT
TGTAGATTGAAGATTTCATGACACTCAAACAGGCATGCTCCTCGGAATACCAAGGAGCGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTT
CTTCATCGATGCGAGAGCCAAGAGATCCGTTGCTGAAAGTTGTATATARATGCGTTACATCGCAATACACATTCTGATACTTTATAGAGTTTGTGATAAACGCAGGCAACAAGTGCGCTCAACAAGCCCG
AATGAACGAGCCCGTTTCACGACCCGTAAACCCACAGTAAGTGCACAGGTGTAGAGTGGATGAGCAGGGCGTGCACATGCCTCGGAAGGCCAGCTACAACCCAGTCAGAACTCGATAATGATCCTTCCG
CAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTTTACTTCCTCTAAATG
So sánh với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gen NCBI.
Đoạn gen của mẫu PB04 dài 697bp có độ tương đồng là 99% với trình tự Ganoderma gibbosum (AY593867.1) đã công bố.
Kết quả: Từ kết quả phân tích phân tử bước đầu có thể nhận định 3 mẫu nấm thu được từ VQG Phước Bình là Ganoderma lucidum (PB01), Ganoderma neojaponicum (PB03), Ganoderma gibbosum (PB04). Tuy nhiên, để định danh chính xác 3 mẫu nấm thu thập cần kết hợp với định danh hình thái dựa theo mô tả về quả thể, bào tử, cuống thân.
VQG Phước Bình
Huỳnh Tấn Phi